Se encuentra localizada en el municipio de Benito Juárez, en el estado de Quintana Roo, en donde existe una importante diversidad de ecosistemas acuáticos y terrestres, incluyendo selva baja caducifolia, manglar, tular y petenes.
También hay cuerpos de agua nacionales, como las lagunas Río Inglés y del Amor, así como diversos manantiales con especies de flora y fauna endémicas, amenazadas, sujetas a protección especial o en peligro de extinción, enlistadas en la Norma Oficial Mexicana Nom-059-SEMARNAT-2010, Protección ambiental-Especies nativas de México de flora y fauna silvestres-Categorías de riesgo y especificaciones para su inclusión, exclusión o cambio-Lista de especies en riesgo, entre las que se destacan el mangle rojo, el mangle negro, el mangle botoncillo, el mangle blanco y la palma chit, así como el cocodrilo, la rana leopardo, la iguana y la tortuga blanca.
Además de que la protección de Manglares de Nichupté resulta fundamental para el sistema de arrecifes del Parque Nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc, dado que su conservación a largo plazo depende de una buena calidad del agua y de la ausencia de sedimentos en suspensión.
La importancia de esta Área Natural Protegida consiste en el hecho de que es el relicto de humedales más importante, asociado al Sistema Lagunar Nichupté (SLN), que permite el mantenimiento y desarrollo de la dinámica ecológica lagunar y de los arrecifes que conforman el Parque Nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc, que forman parte del Sistema Arrecifal Mesoamericano (SAM).
En el Área de Protección de Flora y Fauna Manglares de Nichupté no se encuentran poblaciones humanas establecidas; sin embargo, en la periferia sí hay urbanización establecida de alta densidad. El valor de su paisaje lo convierte en un sitio ideal para la realización de actividades turísticas de bajo impacto que permite a los visitantes gozar de los escenarios naturales que el área posee. Otra característica importante de esta ANP es que se han encontrado restos arqueológicos de la cultura maya.
